Региональная практика применения норм о налоговой реконструкции при досудебном урегулировании налоговых споров не является единообразной: в некоторых субъектах РФ такая реконструкция по налогу на прибыль организаций признается налоговыми органами допустимой с применением правил о расчетном способе, в частности, с использованием показателей деятельности аналогичных налогоплательщиков (правила п. 7 ст. 31 НК РФ), а налоговые органы в других субъектах РФ, напротив, применение таких правил исключают и применяют такую реконструкцию налоговых обязательств только при наличии в распоряжении инспекции первичных документов.